La implantación de un SGMA conlleva un gran esfuerzo para las empresas ya que se necesitan recursos humanos, recursos económicos y dedicar tiempo a este fin.

Es necesario dedicar una dotación de recursos propios de la empresa y en la mayoría de los casos será necesaria la contratación de servicios externos (consultoras, etc.), así como ayuda económica (subvenciones, etc.).
El personal necesario para la implantación de un SGMA dependerá del tipo y tamaño de la organización.

La ayuda externa puede ser útil para desarrollar los diferentes pasos del SGMA como la evaluación inicial y la identificación de los aspectos medioambientales significativos de la actividad de la empresa, requisitos legales, desarrollo de procedimientos, etc.

El proceso de certificación o verificación de un SGMA lleva asociado unos costes que dependerán del tamaño, complejidad y situación actual de la empresa.

Los costes se pueden clasificar de la siguiente manera:
•Medidas técnicas para la solución de los posibles incumplimientos legales.
•Recursos económicos para la implantación del SGMA (formación del personal, evaluación medioambiental inicial, análisis de vertidos, emisiones atmosféricas, acústicas, etc.)
•Costes para la gestión de residuos, depuración de emisiones atmosféricas y vertidos, etc.)
•Auditoria del Sistema.
•Costes asociados a la certificación o verificación del SGMA por una entidad acreditada (pagos de tasas).

En la implantación de un SGMA se da por un lado los costes económicos anteriormente mencionados, pero como consecuencia de la implantación del SGMA se produce un beneficio económico ya que se reduce los consumos de recursos, ahorro de costes de gestión, mejora la imagen de la empresa, etc.